Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s’apprête à tomber sous l’assaut de l’Armée des Machines. D’ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre.
Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l’Oracle : il est encore temps pour l’Elu d’arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu’il avait jamais imaginé.

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l’armée des Machines sème la désolation sur Zion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s’approprie l’ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L’agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l’esprit de Bane, l’un des membres de l’équipage de l’aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n’obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…

Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber-espace. A cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui-ci l’exhorte à aller au-delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est-ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les defenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Elu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…

A l’heure ou la genetique a fait d’enormes progres, eradiquant les maladies et mettant fin aux famines, le pilote d’helicoptere Adam Gibson est quelque peu perplexe quant a l’evolution du monde. Il l’est encore plus quand il decouvre chez lui son clone en train de feter son anniversaire avec sa famille. Adam est aussitot pris en chasse par des tueurs a la solde de Michael Drucker, l’un des industriels de la biologie les plus riches de la planete. Pour proteger son empire, celui-ci doit eliminer Adam avant qu’il ne puisse reveler sa machination.

Dans un futur lointain, les univers parallèles existent. Yulaw, un agent de la Multiverse, le sait pour y être souvent intervenu lors de ses missions. C’est ainsi qu’il a appris que nos doubles vivants dans chacun de ces mondes sont liés entre eux par un flux, et que lorsqu’un d’eux disparaît, son énergie est redistribuée aux autres. Depuis, Yulaw ambitionne d’éliminer ses doubles pour récolter leur puissance et ainsi devenir l’être absolu. Les agents Roedecker et Funsch reçoivent alors l’ordre de neutraliser Yulaw.
Gabe, lui, est un policier qui mène une vie sans histoires. Mais ça ne va pas durer : il est le dernier double, l’ultime obstacle sur la route de Yulaw. Une folle course-poursuite commence entre les quatre hommes.

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